本中心配有二代基因测序仪一台，主要用于土壤微生物多样性分析；流式细胞分选仪一台，用于样品中目标细胞的分析、分选；激光扫描共聚焦显微镜一台及荧光显微镜三台，主要用于植物样品、微生物样品的观察成像；激光显微切割一台，用于无损伤高精度获取目标组织样品；非损伤微测系统一套，用于植物生理电信号的实时测定。另外中心还配有分子生物基础设备，用于土壤总DNA提取、扩增、定性定量分析。
SmartChip 实时定量PCR系统(ZX_2018)
非损伤微测系统 (ZX_2018)
激光显微切割 (ZX_2017)
Zeiss激光扫描共聚焦显微镜 (ZX_2010)
流式细胞分选仪（ZX_2018
Illumina高通量测序仪 (ZX_2012)