中国科学院南京土壤研究所土壤与环境分析测试中心（所级公共技术中心）成立于1995年，拥有检验检测机构资质认定（CMA）和中国合格评定国家认可委员会实验室认可（CNAS）双资质，是第三次全国土壤普查国家级质量控制实验室。中心集中管理运行全所大型仪器101台套，总价值约1.2亿元，主要开展土壤、水和植物的理化分析，养分与金属元素的含量与形态分析，有机物质定性与定量分析，稳定性同位素分析，土壤物理结构分析，土壤生物与基因分析，微观磁共振与能谱分析等。中心技术队伍中1人获得第三届中国科学院“科苑名匠”称号，2人入选中国科学院关键技术人才计划， 2个平台和2位个人分别获得中国科学院公共技术支撑优秀集体和优秀个人荣誉。

中心在科学院范围内率先建立了仪器共享管理网络平台，利用网络化手段规范仪器共享使用流程，并先后承担了中国科学院大型仪器设备共享管理系统V1.0 和 V2.0的研制和推广工作。由于在全院技术支撑和仪器开放共享中的突出业绩和示范作用， 中心于2008年成为首批纳入院择优支持的7个所级中心之一，2017年和2022年又两次在全院地学资环领域所级中心5年评估中被评为优秀，土壤研究所也连续5年（2018-2022年）在科技部、财政部共同组织的“中央级高校和科研院所等单位重大科研基础设施和大型科研仪器开放共享评价考核”中获得优秀。