本中心目前配备稳定同位素比值质谱仪共5台套，其型号分别为Thermo Fisher 的MAT 253、253 plus、Delta V advantage、Delta V plus和Elementar 的Isoprime 100。MAT 253主要测定气体碳氮同位素标记样品；253plus主要测定气体和溶液与土壤浸提液及有机物的碳氮自然丰度变异样品；Delta V advantage主要测定土壤和植物等固体的碳氮同位素样品；Delta V plus主要测定气体和溶液与土壤浸提液的碳氮自然丰度变异样品；Isoprime100主要测定溶液与土壤浸提液碳氮标记样品。