2019年11月19日，科技部办公厅、财政部办公厅联合发布《关于中央级高校和科研院所等单位重大科研基础设施和大型科研仪器开放共享评价考核结果的通知》（国科办基〔2019〕90号），中国科学院南京土壤研究所在此次考核中获评优秀，这是继2018年之后再次获评优秀，并在全国344家参评单位中荣列第6名。
 根据《国务院关于国家重大科研基础设施和大型科研仪器向社会开放的意见》（国发〔2014〕70号）和中央改革办督察组的要求，2019年5月至9月，科技部、财政部会同有关部门，委托国家科技基础条件平台中心，组织开展了2019年中央级高等学校和科研院所等单位科研设施与仪器开放共享评价考核工作。此次评价考核依托科研设施与仪器国家网络管理平台，以法人单位为考核对象，以客观数据为基础，强调提高运行使用效率，强调法人单位主体责任，强调减轻科研单位负担，通过专家咨询和现场核查，形成考核结果。共有25个部门344家单位参加评价考核，其中52个单位考核结果为优秀，89个单位为良好，192个单位为合格，11个单位为较差。按照有关规定，对考核结果优秀和良好的单位将予以后补助经费奖励。
 近年来，南京土壤研究所全面贯彻落实《意见》精神，积极推进大型科研仪器开放共享工作，不断完善网络共享服务体系，积极探索创新激励引导机制，对在仪器开放共享工作中表现突出的技术人员进行表彰和奖励，仪器设备使用效率与共享效率显著提升，大型科研仪器开放共享工作取得了显著成果。